खानेपानी तथा ढल व्यवस्थापन विभागको स्थापना काल देखि खानेपानीको सर्वसुलभ पहुँच पुर्याउने कार्य भइरहेकोमा अपेक्षित रुपमा पानी जन्य रोगहरुको प्रकोप निराकरण हुन सकिरहेको थिएन।यसै सन्दर्भमा वितरित खानेपानीको गुणस्तरमा समेत सुधार ल्याउन निर्माण हुने नयाँ आयोजनामा समेत खानेपानीको गुणस्तरलाई मध्यनजर गरी आयोजना निर्माण तथा कार्यान्वयन गर्ने उद्देश्यका साथ सन् २००० (आ.व. ०५७।५८) मा छुट्टै खानेपानी गुणस्तर तथा अनुगमन शाखाको स्थापना भएको हो।हालको संघिय पुनसंरचना अनुसार तीन तहको सरकार कार्यान्वयनमा आएकोले आ.व. ०७५।०७६ देखि संघिय विभागको नाम परिवर्तन भै खानेपानी तथा ढल व्यवस्थापन विभाग कायम भएको छ भने विभागका शाखाहरुको कार्यक्षेत्र समेत परिवर्तन भै शाखाहरु एक आपसमा गाभिन गई खानेपानी गुणस्तर शाखाको कार्यक्षेत्र फराकिलो भै शाखाको नाम “खानेपानी गुणस्तर सुधार तथा सेवा नियमन शाखा” कायम भएको छ। सुरक्षित पिउने पानीमा जनताको पहुँच पुराउन पर्ने संविधानको मौलिक हकमा व्यवस्था भएकोले तथा दिगो विकास लक्ष्य (२०१६-२०३०) मा नेपालको प्रतिवद्धता लाई समेत ध्यान दिइ मध्यम/ उच्च स्तरको खानेपानी सेवा उपलब्ध गराउन खानेपानी सुरक्षा योजनालाई आयोजनाको अभिन्न अङ्गको रुपमा लिइ तीनै तहको सरकारको समन्वय, सहजीकरण र सहकार्यमा खानेपानीको गुणस्तर सुधार गरी सुरक्षित पिउने पानीमा उपभोक्ताको पहुँच गराउन अहिलेको आवश्यकता देखिन्छ।सन् २०१७ को अन्त्यसम्म १९ प्रतिशत जनतालाई उच्च तथा मध्यम स्तरको खानेपानी सेवा पुगेको अनुमान विभागले गरेको छ। राष्ट्रिय लक्ष्य तथा दिगो विकास लक्ष्य (२०१६-२०३०) संग तालमेल मिलाउँदै नेपाल सरकारले सन् २०३० सम्म ९०% जनसंख्यालाई सुरक्षित खानेपानीमा पहुँच पुराउने लक्ष्य राखेको छ। अत: उक्त लक्ष्यहरु प्राप्तीको लागि यस शाखाले निम्न कार्यहरु सन्चालन गर्दै आइरहेको/गर्ने छ।

• खानेपानी गुणस्तर मापदण्ड तयारी र अद्यावधिक गर्ने ।
• आयोजनाहरुमा खानेपानी सुरक्षा योजना लागु गर्न आवश्यक कार्य योजना तयार गर्ने तथा सो सम्बन्धी क्षमता अभिवृद्धिका कार्यक्रम सञ्चालन गर्ने।
• खानेपानी गुणस्तर मापदण्ड २०६२ मा तोकिए बमोजिम गुणस्तर युक्त खानेपानी सेवा प्रवाह गर्न गराउन आवश्यक कार्ययोजना तयार गर्ने, सो योजना अनुसार बजेट व्यवस्थापन, प्रस्ताव तयारी र स्विकृती गर्ने / गराउने।
• खानेपानीको श्रोतमा आर्सेनिकको जोखिम क्षेत्रहरुको पहिचान गरी आर्सेनिक न्यूनिकरणका लागि तत्कालीन / मध्यकालीन / दिर्घकालीन कार्ययोजना तयार गर्ने।
• प्राविधिक दृष्टिकोणले जटिल प्रकृतिको खानेपानी प्रशोधन आयोजनाहरुको सम्भाव्यता अध्ययन (DPR) गर्ने गराउने तथा कार्यान्वयनको आवश्यकता अनुसारको प्रदेश स्तरमा सम्बन्धित कार्यालयहरुमा सहजीकरण गर्ने।
• उच्च प्रविधियुक्त पानी प्रशोधन प्रणालीहरुको कार्यान्वयनमा समन्वय गर्ने ।
• सेवा प्रदायकहरु बाट संचालित खानेपानी आयोजना तथा निजी स्तरबाट प्रदान गरिएको सेवाको गुणस्तर कायम गर्न गराउन मापदण्ड तयारी / पररमार्जन गरी अनुगमन, मूल्यांकन तथा नियमन गर्ने ।
• सातै प्रदेशका खानेपानी परीक्षण प्रयोगशाला संचालनको लागि आवश्यक समन्वय गर्ने । केन्द्रीय प्रयोगशालाको समुचित उपयोग र व्यवस्थापन गर्ने ।
• खानेपानीको गुणस्तर अभिवृद्धि गर्न सघाउ पुग्ने विभिन्न कार्यक्रमको आवश्यकता पहिचान गरी क्षमता अभिवृद्धि गर्ने ।
• संचालित खानेपानी गुणस्तर सुधार आयोजनाहरुको अनुगमन तथा सुपिरवेक्षण गर्ने ।
• खानेपानीको गुणस्तर तथा सेवास्तरको तथ्यांक व्यवस्थापन गर्ने ।
• सम्पन्न खानेपानी आयोजनाहरुको सेवामा गुणस्तर कायम गर्न तथा सेवा स्तर वृद्धि गर्नका लागि आवश्यक कार्ययोजना तयार गरी कार्यान्वयनका लागि समन्वय गर्ने ।
• संस्थागत सवलीकरण तथा खानेपानी सेवा नियमन सम्बन्धी बिषयहरुमा अध्ययन तथा अनुसन्धान कार्य गर्ने ।
• सामुदायिक सशक्तिकरणका माध्यमबाट खा.स.स्व. क्षेत्रको सुशासन प्रवर्द्दनका अतिरिक्त खानेपानी उपभोक्ता तथा सरसफाइ समिति एबं गैरसरकारी संस्थाहरु मार्फत प्रभावकारी सेवा प्रवाह गर्ने कार्यमा सहजीकरण गर्ने।
• सामुदायिक सशक्तिकरण र परिचालन सम्बन्धी नीति, रणनीति, निर्देशिका र कार्यनीति विकास गर्न सहजीकरण गर्ने ।
• खा.स.स्व. क्षेत्रका नीतिगत दस्तावेज एबम आयोजना तथा अभियानहरुमा लैंगिक समानता तथा सामाजिक समाबेशीकरणका बिषयहरु लाई समाविष्ट गर्न सहजीकरण गर्ने।
• दैवीक प्रकोप तथा इमर्जेन्सिको अवस्थामा शुद्ध खानेपानीको व्यवस्था मिलाउन आवश्यक कार्यक्रम तयार गरी कार्यान्वयन गर्ने।