खानेपानी तथा योजना महाशाखा विभाग अन्तर्गतका २ वटा महाशाखाहरु मध्येको एउटा महाशाखा हो । यस महाशाखा अन्तर्गत देहाय बमोजिमका शाखाहरु छन् :-
- योजना, अनुगमन तथा मूल्यांकन शाखा
- गुणस्तर सुधार तथा सेवा नियमन शाखा
- इलेक्ट्रोमेकानिकल तथा हाइड्रोजियोलोजिकल शाखा
- आर्थिक प्रशासन शाखा